Le Nicaragua fut peuplé à l’origine par les Mayas. Puis, les Miskitos et les Sumos arrivèrent de la Colombie et s’installèrent dans le Nord-Est. D’autres peuples amérindiens arrivèrent du Honduras et du Salvador. Ils cohabitèrent jusqu’à l’arrivée des Espagnols.
Christophe Colomb donna son nom au cap Gracias a Dios, à la frontière du Honduras. La conquête du Nicaragua se fit par la côte du Pacifique. Les Espagnols christianisèrent aussitôt les populations autochtones et les castillanisèrent.
En 1542, les Espagnols créèrent sept provinces: le Nicaragua, le Costa Rica, le Honduras, le Guatemala, le Soconusco, le Chiapa et le Verapaz.
Au XVIIe siècle, le Nicaragua fut la cible des pirates anglais. Les Miskitos inaugurèrent par la suite une longue tradition de combat aux côtés des Anglais, contre les Espagnols installés sur la côte du Pacifique.
Au Nicaragua, la colonisation espagnole resta toujours limitée à la côte du Pacifique.
L’indépendance du Nicaragua fut proclamée en 1821, mais s'en détacha en 1823 pour former la Provincias Unidas del centro America comprenant les États du Nicaragua, du Guatemala, du Honduras, du Salvador et du Costa Rica.
Des guerres éclatèrent entre les États de la fédération et les factions rivales. Puis le pays se disloqua en 1839 pour former cinq nouveaux États indépendants.
Afin d’amadouer les Miskitos, les Britanniques allèrent jusqu’à proclamer en 1845 l’un d’eux «roi des Miskitos».
Les Anglais avaient l’intention de construire un canal reliant l'océan Pacifique à l'océan Atlantique. Ils firent venir des esclaves, puis des travailleurs de la Jamaïque, qui parlaient le créole.
Puis les Américains arrivèrent, pillèrent à loisir la région tout en assurant des emplois de famine aux autochtones. Des missionnaires allemands convertirent les populations locales au protestantisme morave.
De la présence anglaise au Nicaragua, il reste encore une population créolisée à base d’anglais.
En 1823, la ville de Managua fut déclarée capitale du pays (en lieu et place de León). William Walker, un flibustier américain envahit le pays à la tête d'une armée de mercenaires et s'autoproclama président du Nicaragua. Il rétablit l’esclavage et promulgua l’anglais comme langue officielle dans tout le pays. Mais Walker fut évincé dès en 1857.
Les États-Unis intervinrent de plus en plus dans la vie du pays et pratiquèrent la «politique du bâton» inaugurée par le président Theodore Roosevelt.
Pour les Amérindiens, l'histoire de leur pays se résume à une érosion lente de leur autonomie précédant la venue des Européens.
À partir de 1912 (jusqu’en 1932), le Nicaragua tomba sous la complète dépendance des États-Unis qui occupèrent militairement le pays et imposèrent le contrôle des douanes et des chemins de fer.
Le nationaliste nicaraguayen Augusto Cesar Sandino tenta bien de s’opposer à la mainmise américaine en soulevant une partie de la population. Les Américains intervinrent à nouveau. Sandino fut assassiné en 1934, alors qu'il participait à des négociations de paix. Anastasio Somoza García, issu de la garde nationale formée par les États-Unis, s'autoproclama président en 1936 et imposa au pays sa dictature jusqu'à son assassinat en 1956.
Ses fils lui succédèrent. Le clan Somoza s’était accaparé de l’essentiel des richesses du pays et avait favorisé l'implantation des grandes entreprises étrangères (américaines).
En 1978, l’assassinat de Pedro Joaquín Chamorro, le chef de l’opposition conservatrice, déclencha un mouvement d’insurrection orchestré par le Front sandiniste de libération nationale (en hommage à Augusto Sandino), qui obligea le dictateur Somoza à quitter le pays.
La guerre civile aurait provoqué la mort d’au moins 50 000 personnes. Une fois au pouvoir, les sandinistes mirent en place un programme économique d'inspiration socialiste, notamment par des nationalisations, une réforme agraire et la confiscation des terres du clan Somoza.
Au printemps 1987, le gouvernement sandiniste de Managua mit en place un statut d'autonomie qui créait deux régions autonomes: la RAAN, la Región Autónoma del Atlantico Norte à prédominance miskito et sumo, et la RAAS, la Región Autónoma del Atlantico Sur à prédominance métisse et créole.
C'était la première autonomie accordée à des autochtones sur le continent américain.
La grave crise économique de 1988 provoqua la chute du sandiniste, Daniel Ortega. Violeta Barrios de Chamorro, veuve de Pedro Joaquín Chamorro, candidate conservatrice soutenue par les États-Unis, fut alors élue présidente de la République.
